Для десктопной системы с Linux, чтоб запустить вин или другую систему, то самый простой способ VirtualBox. VmWare надо ещё поставить и заставить работать(иногда это легко, иногда сложно), но качество будет получше в каких-то аспектах. Голый qemu сложно эксплуатировать, но он вместе с kvm даст чуть ли не лучший вариант по производительности + нормальный проброс железа, что лично играл в ммо так.
А вот если гонять кучу виртуалок, то я предпочту libvirt + qemu, при условии что не нужно разграничивать права. Из плюсов: быстрый старт системы и виртуалок, возможность делать множество дел с хоста, в том числе иметь графику с virt-manager(красношляпа уроды что сделали его деприкейтед вместо со spice, и при этом cockpit сильно не дотягивает) + веб-панель(cockpit).
А вот vmware esx у меня оставил жопную боль, т.к. с этого хоста ничего по сути нельзя сделать, стартовал он иной раз очень медленно(30+ минут бывало), и управлять нужно было отдельным софтом, который был с гуйнёй только под винду + Net Framework (как щас, не знаю). Накладных расходов было больше чем графику держать на хосте с libvirt.
VirtualBox же совсем не готов к такому использованию, хоть и можно как-то извращаться и таки пускать в headless режиме.